GENOM INSTABILITESI ve HLA DUZENI

GIRIS ARREST-03 MI-2003 ARITMI-03 SOLUNUM-03 Photo Page AMBLNSKAZA MUKERRER ASILSIZ VAKAREDDI ILETISIM ASKER TRAFIKAZA-03 YENIDOGAN DOGUM-03 BAGLANTILAR OLAY YERI AFET AFET2 OLUM-03 SIGARA KANSER ENFEKSIYON KANSER KANSER SIKLIGI GSMH KANSER KANSER ONYIL SITMA KANSER HAVA KANSER KALP KANSER MESLEK KANSER ENDOKRIN KANSER RADYOLOJI KANSER HLA DUZENI KADIN ACIL-03 BEBEK TRIAJ ZEHIRLENME-03 PSIKIYATRI-03 MEVSIM-02 MEVSIM-03 MEVSIM-04 HLA GENLERI KANSER-02 KANSER-03 TRAVMA-02 HODGKIN S DISEASE BREAST BRCA PARAMEDIK-04 ISDOYUMU OZURLU1-04 OZURLU2-04 OZURLU3-04 ISDOYUMU-01 KARSINOGENEZIS SERVIKS CA KANSER KAYITLARI ERGONOMI ISKAZA(37-99) GRAMSCI TURKCAN ERCAN ERBAS YAYINETIGI AP NEDENLERI CINSELHASTALIK CINSELDAVRANIS SAGLIKFELSEFESI HEKIMLIKFELSEFESI DUNYADAISSAGLIGI OSMANLIISSAGLIGI ULUSLARARASI INSANIN DEGERI ANALJEZIK-02 MESLEKODASI INSANHAKLARI VERIMLILIK DONERSERMAYE PARTIveSAGLIK KURESELLESME About Blog

GENOMIK INSTABILITE ve HLA DUZENLENMESI

Memelilerde adaptif immünitenin gelisimi B ve T lenfositlerde özgün Ig ve TCR olusumuna bagimlidir. Antigen reseptör degiskenligi somatik DNA’da degisken (V-variable) bölgenin V(D)J  dizisinin yeniden biraraya gelmesi (DNA rearanjmani) ile olusturulmaktadir. Bunun yani sira bagisiklik yanitinda isotip klas svitçing (isotyp class switch)’in yeniden olusturulmasi ve germinal merkezdeki B hücrelerinin variable bölgelerindeki somatik mutasyonlarla birlikte oldugu görülür. Böylece lenfositler germline genetik programindan genisleyerek bir çok gelisimsel asamayi geçerler ve genomik birlesimi (genomic integrity) olustururlar. Bu durum non-Hodgkin lenfomalar (NHL), bir çok akut lösemiler, plasma hücre neoplazilerinde oldugu gibi diger bir çok tümörde de görülmektedir. NHL’deki translokasyonda tipik olarak hücresel proto-onkogen antijen reseptör lokuslarindan birine eklenerek onkogen davranisi sergilemesine neden olmaktadir (Burkitt’s lenfoma’da t(8;14) gibi). Fizyolojik gen rearanjmani islemi sirasindaki oluysan ürünlerin tümör olusturdugu hipotezinin diger bazi kosullara bagli olarak gelistigine dair kanitlar vardir. Geçtigimiz y İllar içinde alandaki gelismelerin de destegi ile antijen reseptör lokusu ve  lenfoid malinitelerdeki genomik instabilite arasindaki iliskiler tekrar tekrar test edilme olanagina kavusmustur. V(D)J  rekombinasyonunun genetik ve biyokimyasal analizleri ile rekombinasyon mekanizmalari sirasinda kirilan DNA uçlarinin yetersiz onarimi sonucu ortaya çiktigi gösterilmistir. Günümüzde lenfositlerde özellikle B hücrelerindeki Ig lokuslari giderek artan biçimde arastirilmaktadir. Kismen B hücrelerindeki V(D)J rekombinasyonlari ve Ig lokuslarindaki variable bölgelerindeki degisimlerin antijenik uyarimlara verdikleri yanitlar gözden geçirilmektedir. Germinal merkezdeki B hücrelerinin Ig genleri siklikla Ig isotip svitç rekombinasyonu olarak bilinene DNA zincir kirilmalarina ugramaktadirlar. NHL’nin sik görülen germinal merkezden gelisen nodal B hücreli tipinde, gelisen bagisiklik yanitinin genomik farkliliklar gösterdigi bilinmektedir.

 

Lenfoid seri gelisimi ve antijen yaniti sirasinda B hücrelerinde olusan DNA kirik uçlari ve onarimlari antijen reseptör diversifikasyon islemi sirasinda genomik instabiliteyi sinirlayici etkileri ile bir çok bireyde onkojenik olaylarin olusumunu engeller.  Bu gibi sinirlayici olaylarin varligi çalismalari kalitsal olarak genlerin sorumlu oldugu, lenfoma gelistigi düsünülen ataksi-telenjiektazi (A-T), Nijmegen breakage sendromu (NBS) ve Bloom’s sendromu hastaliklarina yöneltmistir. Genetik yatkinlik olmayan durumlar için ise toksik maruziyetler ya da bagisiklik sisteminin bozuldugu (AIDS gibi) hastaliklarda DNA kiriklarindaki genetik güvenlik mekanizmalarinin arastirilmasina yönelmistir. Lenfositteki antijen reseptör gen diversifikasyonlari ve bagisikliktaki bu islemlerin düzenlenmesi ile lenfomaya yol açan nedenlerin test edilmesi saglanmaktadir.

 

LENFOSITTEKI FIZYOLOJIK GENOMIK INSTABILITE

V(D)J rekombinasyon mekanizmasi: B ve T lenfositlerin gelisimi sirasindaki olusan antijen reseptör degisiklikleri somatik gen rearanjmanlari ile olusturulmaktadir. Bu degisken (variable) bölgeler sürekli ekzonlardan olusmus germline olarak variable (V), diversity (D) ve joining (J) bölümlerinden ( ya da V ve J bölümleri) olusturulmaktadir (Alt et al1). Her bir tip için bir çok seçenekten biri seçilmis bu farkli bölümlerin bir araya getirilmesi ile olusmaktadir. V(D)J rekombinasyonu 2Mb’dan büyük bölümler halinde ve henüz cis Seklindedir. B ve T lenfosit gelisiminde antijen reseptör genlerinden protein olusumundan membran sinyal kompleksi iliskisine kadar rearanjman sürmektedir. Bu kompleksin basarilmasi ile hücresel çogalma, hücresel  farklilanma, yasam ve ölüm sinyali olusumu Sekillenerek bagisiklik sistemi olusmaktadir (Willerford et al2). Böylece, V(D)J rearanjmani sadece lenfoid farklilanmayi degil hücresel gelisimde de önemli bir yönlendirici rol oynamaktadir. V(D)J  rekombinasyonunda yer alan bir çok gen belirlenmis ve baslangiçtaki asamalar biyokimyasal seviyede anlasilmis bulunmaktadir. Bu islemlerin fizyolojisi mutant farelerde genleri hedefleyen stratejilerle çalisilmaya devam edilmektedir. Tablo 1’de V(D)J  rekombinasyonu için bir araya gelmelerinde variable bölgesi gen bölümlerinin tipik tanimlanmis sinyal sekanslari (Recognition Signal Sequences-RSS)  gösterilmektedir (Sekil 1). RSS heptamer ve AT’den zengin nonamer sekans yapisinda ve her biri 12 ya da 23 nükleotide ayrilmistir. V(D)J bilesigi baslangiçta lenfoid-özgün rekombinaz komponentleri Rag 1 ve Rag 2 tarafindan DNA’dan ayrilirlar. Bu, kodlanan bölge ile RSS arasindaki sinir bölümünde gerçeklesir (3-5). Bu kirma reaksiyonu in vitro olarak baslangiçta bir zincirde çentiklenme ile baslar ve ardindan karsi taraf fosfodiester baglarinda transesterifikasyon ile künt bir uç olusturularak sinyal sonlanir ve kod ucunda toka “u” Seklindeki yapi olusur. RSS ile farkli uzunluklarda (12/23 kurali olarak bilinen) V(D)J rearanjmani olusur. Bu özellik sayesinde nonprodüktif V V ve J J rearanjmani engellenmis olur (1). Özellikle Rag etkisindeki DNA kesimi önemli bir özelligi yansitir: 2 adet kesik DNA çifti yaratilmis olur (6,7) ve kesimden sonra tek bir sinaptik kompleks olusur, öyleki kesimden sonra tekrar birlesim saglanmaktadir (8). Farede Rag-1 ve Rag-2’nin mutasyonal inaktivasyonu V(D)J rekombinasyon olusumunu engeller ve T ve B lenfosit gelisimini erken progenitör dönemde engellenmis olur (9,10). Rag genlerindeki mutasyonlar insanda otozomal kalitimla geçen Siddetli kombine bagisiklik bozukluguna (SCID) yol açar (11). Rag-1 ve 2’de olusan nokta mutasyonlar ise etkin V(D)J rekombinasyon olusumunu engelleyerek Omenn sendromuna neden olur. Bu hastalik aktive oligoklonal T hücre ve hipereozinofili gösteren önemli bir hastaliktir (12). Rag etkisi ile olusan DNA kesim noktalarinin tekrar birlestirilmesi hakkindaki önemli bir gözlem tüm somatik hücrelerde olusan mekanik bir islem oldugu ve çift zincirli DNA kiriklarinin onarimi için genel hücresel bir yolak oldugudur (3,13,14). Kodlama ve sinyal ucuna eklenme islemleri bribirinin yerine geçen islemlerdir, öyleki tekrar eklenen bölümlerin yönlenmesine baglidir, DNA yönlenmesi ile kesilen parça dairesel 15 ya da tekrar dönüserek krozomal bütünlügü sürdürecek Sekilde olusur. Uyarimin farkli yapilari ve Rag tarafindan olusturulan kod uçlari farkli yollardan olusturulur (16). Sinyal ucu tekrar baglanarak germline herhangi bir Sekilde sekans eklenmesi ya da çikartilmasina olanak tanimaz. Buna karsilik kod ucunun kalitsal olarak islenmesi yetersiz ise önce, toka Seklindeki yapida açilma olurak asimetrik olur, P elementi denen baglanti parçasini taniyarak kisa tamamlayici bölümler olusturulur, ikinci olarak, kodun açik ucu islem süresince nükleaz aktivitesi ile bir çok baz çiftini kaybeder, sonunda, lenfosit gelisiminde terminal deoksinükleotidil transferaz (tdt) olusumu ile baz eklanarak (N-nükleotidler) bagimsiz bölüm olusturulur. Bu özelliklerle V(D)j’ye farkli sekanslar eklenerek olusturulur. Bu sekanslar TCR ve Ig molekül uçlarinin antijen ile iliskisinden sorumludur. Bu sayede bagisiklik repertuarinin genislemesi saglanmis olur.

 Tekrar eklenme isleminin merkezinde DNA bagimli protein kinaz (DNA-PK) kompleksi bulunur. DNA-PK katalitik alt birimi (DNA-PK catalytic subunit [DNA-pkcs]), nükleer antijen olan Ku70 ve Ku 86’ya kadar uzanir (17). DNA-pkcs, PI3K gen ailesi üyesidir. Bu aile, lenfomalar ve nörodejeneratif hastalik olan A-t’den sorumlu ATM genini de içerir. Scid olan mutant farelerde DNA-pkcs’da delesyon ya da hedef mutasyonlari nedeniyle V(D)J rearanjman defekti oldugu izlenir (18-20 ) ve lenfosit gelisim yetmezligi görülür (21-23). DNA-pkcs defektlerinde seçici olarak joint (J) olusumunda yetersizlik olurken joint sinyali göreceli olarak normaldir (24,25). DNA-pkcs eksik hücreelrde J kodlarinda siklikla büyük delesyonlar izlenmektedir, bu durum DNA ucunun V(D)J rekombinasyonu için alternatif yollar da kullanabildigini göstermektedir. Ku70 ve Ku86 nükleer proteinlerinin DNA ucuna baglanma aktivitesi göstermekte ve DNA’ya etki ile DNA-pkcs kinaz islevini aktive etmektedirler (17). Ku70 ve Ku86 eksikligi olan hücre serilerinde V(D)J rekombinasyon yetersizligi olusmaktadir (13,26,27). Yine de DNA-pkcs mutasyonlarindaki defekte ragmen Ku70 ve Ku86 rejoining kodlanmasi ve sinyal sonlanmasi için gereklidir. Bu proteinlerin islevsel aktivitelerinin DNA-PK kompleksinden bagimsiz gerçeklestigi görülmektedir. Ku86 ya da Ku 70 eksikligi olan farelerde Siddetli T ve B lenfosit gelisim defektleri olmakta, ancak Ku702/2 olan farede zayif bir T gelisimi izlenmektedir (28-31). Ek olarak her iki türde de gelisme geriligi olmasi, Ku protein islevinin DNA-pkcs’den bagimsiz olarak gelismeyi etkiledigini göstermektedir.

V(D)J reaksiyonunda son adim DNA ucunun baglanmasidir. XRCC4 geninin iki temel bölümü, V(D)J rerkombinasyonundaki defektleri tamamlayici olan bölüm ve radyosensitif XR-1 hücre serisinde DNA onarimi (32) yapan DNA ligaz IV bölümüdür (33).  XRCC4 komplekse ligazin baglanmasini kolaylastirici etki yapiyor olarak görünmektedir (34,35). Sifir mutasyon hedeflendiginde lenfoid serinin erken progenitör döneminde durudurulmasi ile XRCC4 ya da DNA ligaz IV benzer fenotipler olusmasini saglamaktadir. Ilginç olarak, Bu her iki bilesigin mutasyonlarinda postmitotik nöron ölümü ile Siddetli beyin gelisim asamalarinda defektler ortaya çikmaktadir. Buna göre, beyin gelisiminde de bazi DNA rearanjman yapilari gerekli olmaktadir (36,37). Bu yapilarin sonunda dogal kadherin benzeri bazi genler ile Ig ve TCR’larİn V ve C olusma bölgelerini organize ettigi gösterilmistir (38). V(D)J rekombinasyon mekanizamsi tüm 7 TCR ve Ig lokuslari tarafindan paylasilmaktadir. Ancak yinede lokuslarin rearanjmanlari hücre serileri ve gelisimleri ile sinirlandirilmaktadir (2,39).  Rag etkisinde DNA kirilmasi için hedef kromatinin açik ve ulasilabilir olmasi gereklidir (3,40). Kromatin yapisindaki degisim germline yapisindaki antijen reseptör lokuslarinin transkripsiyonu ile iliskilidir, rearanjman olmadan degismeyen kisim olusur ve bu V(D)J reaksiyonu için baslatici rol oynar. Bu tartisma transgenik rekombinasyon substratlarda gen transfeksiyonu kullanilarak uygulanmistir. Ve bu cis düzenleyici elementler germline transkripsiyonunda promoter ve enhancer (zenginlestirici) düzenlemeler için gerekli olduklari gösterilmistir (39,41,42). Germline transkripsiyonu için rekombinazlarin kolaylastirici onay vermesi ya da V(D)J rekombinasyonunda dogrudan rolleri oldugu görülmüstür.

 

Ig Klas Svitç Rekombinasyonu:

Bagisiklik uyarimindan sonra, antijene reaktif B hücreleri siklikla isotip klas svitçinge giderek, Ig G ve Ig A ya da Ig E siniflarinin sabit bölgelerinin ekzonlarini kodlarlar, böylece islevsel V(D)J rearanjmani ile V bölgesi ile antikora özgü ayni antijen baglayici bölgelerini olustururlar. Ancak bunun için özellesmis efektör islevlerinin sabit (constant) bölge tarafindan belirlenmis olmasi gereklidir (Stavnezer-43). Bu islev ile plasma yarilanma ömürlerinde uzama, efektör hücreelrdeki farkli Fc reseptörleri tiplerine bagalanabilme ve mukozal epitelden disari salinabilme özelligi kazanirlar. Sabit bölge yapisi farkli ıgh isotipi için ıgh lokusunun Cμ ve Cδ bölgelerinde yerlesmistir (38). Klas svitçing homolog olmayan rekombinasyon ile halkanin açilmasini saglayan sekans olusumu ile sonuçlanir (44). Hedefteki svitç bölgesi 2-10 kb’lik Cμ’de yerlesmis ve Cδ disindaki her bir sabit bölgede bulunmaktadir (58) (Sek 1). Svitç bölgesi tipik olarak rasgele kisa tekrarlayici sekanslardan olusmaktadir. Özgün olarak svitç durma sekansi görünmemektedir (45,46). Bu nedenle svitç rekombinasyonu baslangici bilinmemektedir. Fakat RSS’den farkli olarak  V(D)J rekombinasyonunda kullanilan bir hedef vardir. Buna göre klas svitçing islemi Rag1 ve Rag2 yoklugunda da ilerlemektedir. Rag eksik pro-B ya da olgun B hücre kültürlerinde CD40 tarafindan ıgh allel rearanjmani saglanabilmektedir (47,48).

 Klas svitçingi büyük oranda CD40Ligand/CD40 iliskisi ile orataya çikan sitokinlerin T lenfositlerle etkilesimi ile düzenlenmektedir. Bu etkiler kismen germline transkripsiyonu ile yönlendirilmekte, C (constant) bölgesinin kodlanmayan birinci ekzonundan kaynaklanmaktadir (58,43,49). Germline transkripsiyonu ıgh lokusunun enhancer/LCR elementleri promotor bölgelerindeki artis ile kontrol edilmektedir (50-52). Farede gen hedefli arastirmalar ile svitç rekombinasyonunun mekanik transkripsiyondaki rolü arastirilmistir (49,50,53-57). Bu çalismalara göre tek basina transkripsiyon klas svitçing aktivasyonu için yetersizdir. Ancak Transkript islemi için RNA ayrilmasini içeren islemlerle uygun sinyal olusmaktadir. Germline transkripsiyonu lokus çalismasinin düzenlenmesinde çok küçük bir rol üstlenmektedir. Ayni zamanda RNA ayrim islemi ya da transkriptin kendi basina islenmesi svitç rekombinasyon isleminde rol oynamaktadir.

Svitç rekombinasyonu, DNA ucundaki V(D)J rekombinasyonunun karsilikli olarak benzerlik tasir (44). Bu durum DNA’nİn iki ucundan çogalmayi saglayarak, DNA ucundaki artiklardan sinaptik kompleksler olusumuna neden olur ve eklemlenmeyi kolaylastirir. Bu bilgi isiginda DNA uçlarinin klas svitç rekombinasyonu sirasinda DNA-PK kompleksine gereksinimi oldugunu destekler. Svitç rekombinasyonu, Ku 70 ve Ku86 eksikligi olan farelerdeki Ig gen rearanjmanindaki gibi (58,59)  Scid Farelerdeki pro-B hücreelrinde yetersizdir (47).  Böylece, V(D)J ve klas svitç rekombinasyonu iki farkli yoldan fizyolojik olarak B hücrelerindeki ıgh lokusundaki DNA uçlarini olusturur. Bu uçlarin olusumu genel yolagi olusturur.

 

Somatik Hipermutasyon.

B lenfosit gelisimindeki V(D)J rekombinasyonu tarafindan olusturulan Ig repertuari ıgh ve ıgl genlerindeki V bölgelerinde somatik hipermutasyon tarafindan bagisiklik yanittaki farkliliklari olusturur (Neuberger, Milstein [60] ve Storb [61]). Germinal merkezdeki B hücreleri her bir 1/1000 bp olusumu sirasinda V bölgesi genlerinde mutasyona ugramaktadir (Sek 1).

Antijene afinitesi artmis hücrelerin yasami ve genislemesi seçim islemi ile olanaklidir. Ig genlerinin somatik hipermutasyonu promoter bölgesindeki 1,5 kb’lik bölgeden gelisim ile olmaktadir. Transgenik farelerdeki çalismalarla transkripsiyon ve somatik hipermutasyonlarin aktarilmasinda yer almaktadir (62). Somatik hipermutasyon mekanizma modelleri DNA onarim islemlerine odaklanmistir. Bunlar insan ve farelerde bir çok yolak üzerinde denenmistir. Nükleotid ekzisyon onarim (nucleotid excision repair)’iminin rolü büyük oranda insandaki bir çok genin mutasyonunun sorumlu oldugu Kseroderma Pigmentozum ya da Cockayne sendromunda oldugu gibi farelerdeki XPC, XPA ya da XPD genlerindeki somatik mutasyonlari hedefleyen çalismalarda gösterilmistir (63). Farelerde DNA mismatch onarim mekanizmasinin komponentleri olan PMS2 ve MSH2’deki mutasyonlar üzerindeki çalismalar somatik mutasyonlarin bu alandaki olasi çatismalari ile sonuçlanmistir (Wood [64] ve Kelsoe [65]). Son bulgular daha çok MSH2’nin etkili humoral immün yanit ve germline merkezlerin olgunlasmasi için gerekli oldugu yolundadir (66). Somatik hipermutasyon çok genel olarak baz kaymasina baglidir. Ancak bazi çalismalarda insersiyon ve delesyonlarin da sinirli sayida antijen tarafindan uyarilan B hücrelerinin aktivasyonunda ve folliküler ve dendritik hücreler tarafindan primer folliküle göçlerinde belirgin siklikta oldugunu göstermektedir (67,68).

Bu basit gerçek Burkitt’s lenfoma hücre serilerinin yapisal hipermutasyonlari konusundaki hipotezlerle de detseklenerek DNA zincirleri ucundaki somatik hipermutasyonu göstermektedir (69). Yapay olarak tdt eksprese edenler tarafindan ıgh V bölgesinde tamamlanmayan baz eklenmesi ile edinsel mutasyonlarin alt birimleri oldugu ve DNA uçlarindan bagimsiz olarak etkilendikleri bulunmustur. Bu bulgular önemli bir soruyu tasimaktadir, DNA uçlarini etkileyen somatik hipermutasyon mekanizmasinin asil elementi oldugu, bu gibi uçlarin her iki DNA zincirini de etkiledigi, ve eger öyleyse, V(D)J ve klas svitç rekombinasyonunu paylasan her bir elementin tekrar eklenme islemini olusturdugudur.

 

B hücrelerinde Ig genlerinin Genetik Plastisiteleri

Lenfositteki antijen reseptör farklanmasi sadece primer lenfoid organdaki gelisim sirasinda olmaz. Dissal uyarilar ile antijen reseptörün kendiliginden uyariminin da bir parçasidir. Kemik iligi immatür Ig M1 B hücresinde, V(D)J rekombinasyonu Ig reseptör sinyali ile de aktive olarak uyarilarak islevsel Ig V bölgesinin düzenlenmesinde yer almasini yönlendirir. Bu durumda, bilindigi üzere reseptör baskisi, otoreaktif Ig türlerinin olusumunu engellemeye yardimci olur (70-73).  Germinal merkez reaksiyonu sirasinda periferik B hücrelerinde antijen reseptörlerince Ig genlerinde yogun olarak degisiklikler olusumu desteklenir (Sek. 2). Germinal merkezler antijen tarafindan uyarilmis sinirli sayida B hücresinin primer follikülden göçü ve folliküler dendritik hücrenin (FDH) iliskisi ile olusur (74-76). Çogalma isleminden sonra, koyu ve açik bölgeler belirginlesir. Koyu bölge hizli çogalan sentroblastlari içerirken, açik bölgeler sentroblastlardan olusan sentrositlerin bulundugu bir liman gibidir. Follüküler dentritik hücreler (FDH), antijene özgü T hücreleri ve makrofajlar  antijeni ayrimlastirirlar. Çogalan sentroblastlarda somatik hipermutasyonlar olusur.

Hücre siklusundan sonra, mutant Ig genlerini içeren progen hücreler açik bölgeye göçerler. Burada antijen ile ve FDH ile iliskiye girerek yüksek afiniteli antijen reseptörleri olusturan hücreleri olustururlar. Ig klas svitçing sentrosit bölümünde olusur ve T hücreleri tarafindan iliskiye girmeleri kolaylastirilir (77). Antijen tarafindan seçilen sentrosit tekrar karanlik bölgeye gider ve klonal genislemeye ve somatik hipermutasyon ugrar ya da germinal merkezden çikarak hafiza B hücrelerine ya da plasma hücrelerine farklilanir. Son çalismalarda somatik mutasyon ve klas svitç rekombinasyonuna ek olarak germinal merkez B hücreleri V(D)J rekombinasyonu ile reseptör revizyonuna giderler. Böylece, Rag1 ve 2  reaktif germinal merkezde eksprese edilmeye baslanir (78,79) ve basarili ıgl rearanjmani saglanmis olur (80,81). Farelerde, V(D)J rearanjmani tek allel geniyle birlikte ıgh rearanjmani bölümü normal allelde de belirlenmistir (81).  Son çalismalar Rag negatif olgun B hücreleri tarafindan tekrar Rag genlerinin reeksprese edildigini göstermektedir ve önemli bir sorun olarak antijen siyaline yanit olarak V(D)J rekombinasyonuna giren periferal B hücrelerinin kökeni meark edilmektedir (82,82a). Somatik hipermutasyon ve V(D)J rekombinasyonunca yeniden degerlendirilen reseptörler periferik T hücreleri tarafindan belirlenmektedir. Ancak periferik T hücreleri repertuarini düzenlemedeki rolleri henüz bilinmemektedir (62,83).

ANTIJEN RESEPTOR GENLERININ KROMOZOM TRANSLOKASYONU

Antijen Reseptör Gen Ekspresyonu için Kontrol Elementlerince Onkogen Deregülasyonu

NHL (non-Hodgkin Lenfoma)’nin genetik görünümünde antijen reseptör lokuslarinda kromozom translokasyonlari oldugu görülmektedir. Onkojenik kromozom translokasyonlari genellikle bir çok myeloid ve bazi lenfoid lösemilerde de füzyon genlerin olusturdugu yeni kimerik proteinler Seklinde olmaktadir. NHL translokasyonlari tipik olarak yapisal olarak bütün olan proto-onkogenin yüksek oranda eksprese edilen Ig ya da TCR genlerinin etkisinde düzenlemesi ile etkinlige kavusarak hücre gelismesi, farklanmasi ya da apoptozisini saglamaktadir (84-90). Bu durumlardaki sik tekrarlayan translokasyonlarda kirikuçlarinin klonlanmasi ve sekans analizi çalismalari yapilmistir (Tablo 2). Bunlardan t(8;14) ve t(14:18) translokasyonlarinin lenfoma patogenezi ile dogrudan iliskili oldugu görülmüstür. Burkitt’s lenfomalarinda c-myc yaklasik tüm vakalarda etkilenmis görünmektedir. Çok siklikla ıgh lokusu tutulumu ile t(8;14), varyant translokasyonlari t(2;8)(p11;q24) ve t(8;22)(q24;q11) görülmektedir. Ig Igκ veya Igλ’ya c-myc eklenmesi ile olmaktadir (91-96). C-myc hücre gelismesinin düzenlenmesinde, farklanmasinda ve apoptoziste rol almaktadir (Henriksson ve Luscher [97] ve Dang [98]). Neoplazilerde t(8;14) translokasyonunun rolü transgenik farelerde c-myc ekspresyon kontrolünün ıgh intronik enhancer (Eµ) ile oldugunu ve böylece pre-B hücrelerinde poliklonal hiperplazi olusturarak birkaç ay içinde agresif klonal B serisi malignensilerinin gelistigi gösterilmistir (99-101). T(14;18)(q32;q21), insan folliküler B-hücre lenfomalarinda % 85’den fazla oranda bulunmaktadir. Burada ise Bcl2 geni ıgh lokusunun önünde yer almistir. Genellikle JH bölümünün dogrudan gelisimi ile Bcl2 artis göstermektedir (85,102-105). Bcl2 asiri ekspresyonu B hücrelerinin yasam süresini uzatmakta ve apoptozisi inhibe etmektedir (105-107). Eµ-BCL2 tarnsgenik farelerde, folliküler B hücre hiperplazileri görülmekte, bazilarinda ise agresif monoklonal B hücre lenfomalari uzun bir latent dönemden sonra ortaya çikmaktadir (107-109). Bu deneyler ıgh lokusuna transloke olan proto-onkogenlerin ekspresyonundaki düzensizlesme (deregulation) sonucu onkojenik yolagin basladigini göstermektedir. Ancak yine de lenfoma gelisimi için bazi ek genetik degisimlere gerekmektedir. Bu bulgular oldukça seyrek rearanjman olaylarinin antijen reseptör lokuslarini tutmasi ile malin hastalik gelisimine neden olabilecegini göstermektedir.

 

Fizyolojik Rearanjman ıslemi kanitlarinin Izleri

Lenfoid gelisim sirasindaki antijen reseptör genlerindeki genetik instabilite ile olan iliskileri ve bagisiklik yaniti ile lenfoidlere özgü kromozom translokasyonlarinin ayni lokuslari tutmasi Su hipoteze yol açmaktadir: NHL translokasyonlari fizyolojik islemlerdeki hatalar sonucu olusmaktadir. V(D)J rearanjmanlarinin büyük çogunlugu rekombine olan sekanslar birbirlerinden megabaz düzeyinde ayri olmalarina karsilik ayni kromozom üzerinde olusmaktadir. Temel olarak V(D)J rekombinasyon mekanizmasi ile kromozomlar arasindaki karsilikli rearanjmanlar benzerlik tasimaktadir. Intraallelik farkliliklar ve V(D)J  rearanjmanindaki lokus içi degisiklikler tanimlanmistir (110-113) ve bu çalismalar fizyolojik kosullarda kromozomlar arasindaki  bu rearanjmanlarin sik olmadigi gibi çok seyrek oldugunu göstermektedir. V(D)J rekombinazin etkisindeki onkojenik translokasyonlarin kanitlanmasi normal antijen reseptör rearanjmanlari ile translokasyonlarin kirik uçlarindaki sekanslarin karsilastirilmasi ile yapilmakta ve bunun büyük oranda kosullara bagli gelistigi görülmektedir (Rabbitts [88] Tycko ve Sklar [89] ve Showe ve  Croce [90]). T(14;18) translokasyonlarinin bir çok folliküler B hücreli lenfomada olmasi belki de büyük oranda V(D)J eklenmesine güçlü biçimde benzemektedir. Kromozom 14 kirik ucu siklikla DH ya da JH segmentlerinin RSS sinirinda bulunmaktadir (85,102-105). Ek olarak, 18q21 kirik ucu üst kisminin RSS heptamerine büyük oranda benzedigi görülmektedir (89,90,104). T hücre lenfoblastik lenfoma/lösemilerindeki t(7;9) (q34:q32), 7. Kromozomdaki tcrβ geninin D bölümünün RSS kirik ucuna benzemektedir. Bu kromozom 9’daki birlesim yeri RSS heptameri ve AT zengin nonamer benzeri sekansdan farkli 11-12 bp motifli bir bölge oldugu görüsü olusmustur (114). Ayni zamanda V(D)J kodunun baglanmasi akla getirildiginde siklikla tamamlayici olmayan nükleotid eklenmesinin translokasyon uçlarinda tdt aktivitesi oldugunu desteklemektedir (89).  Ayni translokasyonlarin V(D)J  uçlarinin V(D)J koduna eklenmesi ragmen uçlarin sekanslari hakkindaki veriler V(D)J rekombinasyonu dagilimi hakkinda dogrudan bilgi vermemektedir. Varsayilan kriptik RSS siklikla kirik ucundan esit uzaklikta ya da fizyolojik RSS ile zayif benzerlik göstermektedir (89). Ek olarak uçlarin karsilikli translokasyonlarinin analizi ile baslangiç ayrim bölgesinin belirlenmesini gerektirmektedir. Bu bir-iki çalismada uygulanmis ve RSS sinirlarinda ayrimin olmadigi görülmüstür (89,114-116). Bir arada alindiginda uygun verilerin degerlendirilmesi ile bir çok kromozom translokasyonunun antijen reseptör lokuslarini etkiledigi, normal V(D)J reaksiyonu ürünlerinin olusmadigi desteklenmektedir.

Farkli bir kurguya göre, kromozom translokasyonlarinda V(D)J rekombinazin etkilendigi ileri sürülmekte, bu yolla hibrid mekanizmalari ile fizyolojik DNA uçlarinin, antijen reseptör lokuslarina eklenmesinin farkli mekanizmalar ile genomun baska yerlerinde olustugu düsünülmektedir (89).  Antijen reseptör olmayan uçlar rasgele olusurlar ya da lokusda kismen olusturulurlar. Örnegin bcl2 translokastonunda görülen mbr ve mcr uçlarindaki kaliplar poliuridin-polipirimidin içeren sekanslari vardir ve E.cli’deki Ki (Chi) rekombinasyonuna benzerler (117,118). Ki benzeri sekanslar 45 kd’luk nükleer proteinler baglar ve erken B hücrelerinde olusan nükleazlari ile kirilmalari kolaylastirirlar (118). Rag 1 ve 2 üzerinde yapilan son çalismalarda gösterilen, diger bir olasi rearanjman mekanizmasi prokaryotlardaki transposazlarin etkisinin oldugunu destekler (119,120). RSS’deki endonükleotik kirilmalardan sonra  Rag proteinleri sinyal ucu ile kompleks olusturur DNA zincirindeki nükleofilik bölgelere atak yaparak, transpozisyon olayini olustururlar. Ikinci adim, sekans bagimsiz gerçeklesir, es kromozomda RSS yoklugunda translokasyonlardali reseptör lokusunu etkiler. Bir ya da daha fazla mekanizma V(D)J reaksiyonu sirasinda DNA ucundaki anormal tekrar katilim olaylarini olusturmaktadir. Bazi sporadik Burkitt’s lenfoma olgularindaki t(8;14) translokasyonlarinda, 14. Kromozomun uçlarinda Cμ, Cγ ya da Cα bölgeelrinde Ig klas svitç rekombinasyonu izlenmektedir (116,121,122). Buna karsilik bazi 14. Kromozom mutasyonlarda (der14ch) Eμ enhancer kisimlari kaybolmustur. Bu durumda ıgh lokusunun diger kontrol elemanlari içerdigi anlasilmistir. Cα yakinlarinda 38 Ig enhancer/lokus kontrol bölgesi yerlesmistir. Bunlar c-myc ekspresyonunu uzun alanda cis etkileri ile regülasyonunu bozmaktadir (52). Murinler plasmositomlarinda kendiliginden svitç rekombinasyonu izlenmektedir. Bu durum pritan ya da mineral yaglarla da indüklenebilmektedir (93,123-125). Bu tümörlerin çogunda t(12;15) olmakta, c-myc farenin 12. Kromozomundaki svitç bölgesine eklemlenmektedir. Sonuç olarak yeni bir onkojenik mekanizma multipl myeloma hücre serilerinde svitç rekombinasyonu üzerinde gösterilmistir. Cα ve 38 ıgh enhancer içeren svitç bölgelerinin çikartilmasi ile kromozom 11 üzerindeki siklind1 protoonkogen önüne eklendigi, böylece siklind1 asiri yapimina yol açtigi görülmüstür (126). Bu model genisletilerek ıgh svitç ve V(D)J rekombinasyonlari sirasinda onkojenik rekombinasyonlarin olasiliklari  olusturulmustur. Bir çok nodal B hücreli lenfomalarda Ig variable bölgelerinde somatik hipermutasyonlar bulunmustur. Bu durum bu türdeki tümör prekürsörlerinin germinal merkez isleminden  geçmis oldugunun göstergesidir (67,127). DNA uçlarindaki hipermutasyon süreçlerinin tanimlanmasi ile farkli mekanizmalarin lenfomalara iliskin olasi kromozom translokasyonlari  anlasilmis olmaktadir (67-69). Bununla ilgili kanitlar bazi t(8;14) Burkitt’s lenfomalarinda vardir. Bazi translokasyonlar siklikla V(D)J rearanjmanindaki ıgh allelini tutmaktadir ve somatik hipermutasyonlarin fizyolojik asil hedefinin kirik uçlarinin V bölgesinse olduguna dair bir çok örnek vardir (67,127). Bu olasi role ek olarak bazi Ig lokus translokasyonlarinin somatik hipermutasyon islemi sirasinda Ig lokuslari disinda genetik farkliliklari tanimlanmistir. Translokasyon Ig lokuslarinin yakininda yer aldiginda, c-myc ve bcl6 genlerinde siklikla, malin fenotip gelisimlerinde görülen somatik mutasyona yol açan nokta mutasyonlar gelismektedir (128,129).  Sonuçta, somatik hipermutasyonda görülen germline bcl6 geninin, B hücrelerinin normal germinal merkezde islenmesinde çalistigi bilinmektedir. Bu durum islemin fizyolojik kosullarda tümüyle Ig lokuslarini içermedigini göstermektedir (130-132). Bunula birlikte, antijen uyariminin etkisindeki periferik B hücreleri, en az üç farkli mekanizma ile DNA ucu olusuman gereksinmektedir. Bunlarin her biri kromozomal translokasyonlarda farkli DNA onarim mekanizmalarini harekete geçirmektedir. Doku yapilarinin artan orandaki genetik hatalarinda, hücresel izleme mekanizmalari DNA hasarlarini kontrol ederek onkojenik olay gelisimini önlemektedir.

 

LENFOMALARDA GENETIK DEGISKENLIK

Epstein-Barr virüs’e karsi yetersiz konakçi yanitina neden olan bagisiklik eksikligi sendromlarinin yaninda lenfoid malignensi açisindan yüksek risk tasiyan ve DNA hasari ile birlikte hücresel yaniti etkileyen üç kalitsal hastalik vardir. Diger insan kanserlerinde belirlenen tümör supresör genleri gibi, A-T, NBS ve Bloom’s senromundaki sorumlu genler genomik bütünlügü saglamada yer alirlar. Bu genler lenfositlerdeki antijen reseptör farklanmasinda neoplastik olusumlarin ortaya çikmasini nasil önlemektedirler. Farede aday tümör supresör gen çalismalarinda, bagisiklik sistemin islevsel ve gelisimsel modeller birlikte genetik manüplasyonlarda kullanilir. Bunlar lenfositlerdeki genomik instabilite ve lenfoid malignensilerdeki kromozom translokasyonalri arasinda baglantiyi kurmamizi saglar.

 

Ataksi-Telenjiektazi (A-T):

A-T otozomal resesif, ilerleyici serebellar ataksi, günes gören yüzeylerde telenjiektaziler, iyonizan radyasyona asiriduyarlilik ile hücresel ve hümoral bagisiklikta yetersizlik ile karakterli bir hastaliktir (Gatti [133]). Mutasyona ugrayan gen ATM, bir PI3K gen ailesinden DNA-pkcs içeren gendir (134). % 38 A-T hastasi, yasam süresince azalmakla birlikte kanserden etkilenir (133,135,136). Eriskinlerde büyük oranda solid tümörler gelismesine karsilik, malignensi gelisen A-T hastalarinin % 85’inde lenfoid lösemi ve lenfoma gelismektedir. Çocuklarda ALL ve lenfomalar Seklinde ve agirlikli olarak T hücre kökenli olarak gelismektedir. Eriskinde siklikla kronik T hücreli lösemiler (T-PLL/T-CLL) ile baglantili kromozom translokasyonlari siklikla TCR α/β ya da γ’yi etkileyen 14q32 yerlesimli kromozomdaki TCL1 genini etkilemektedir. T-PLL gelisen, A-T olmayan bireylerin yarisindan çogunda heterozigot ATM gen mutasyon  tasiyicisi oldugu görülmektedir (137-139). Lökemik hücrelerde normal allelde LOH (Loss of heterozygosity) izlenmekte, bu ATM’nin islevinin klasik tümör supresör oldugunu desteklemektedir (140). ATM mutasyonlari, ATM ekspresyonunu azalttigi gibi, B-CLL hücrelerini de azalttigi belirlenmistir. Bu gendeki anormalliklerin çok genis spektrumdaki lenfoid malignensileri etkilemektedir (141-143). A-t’deki lenfoid malignensilere paralel olarak genel kromozomal translokasyonlara yatkinlik kazandirdigi düsünülmektedir. Fibroblast artisi ile rasgele kromozomal rearanjmanlarin olustugunda (144), A-T hastalarda gelisen translokasyonlarin sadece % 10’unda nonmalin lenfositler görülmektedir (136). Bazi durumlarda, translokasyonlu klonal T hücre artisi  T-PLL’ye benzerlik tasimakta, premalin olarak degerlendirilmektedir. Ancak yinede kromozom 7 ve 14’de onkojen aktivasyonu ile iliskisiz yüksek orandaki translokasyonlar ve TCR lokuslarindaki V(D)J transrearanjmanlari görülmektedir (111,113,136). Bu gibi interlokus rearanjmanlari normal bireylerde çok daha düsük düzeyde tesbit edilmektedir. Bu bulgular, A-t’de artmis orandaki onkojenik translokasyonlara göre, V(D)J  rekombinaz etkisindeki interkromozomal rearanjmanlarin sinirli sayidaki durumda ATM’yi de etkiledigini göstermektedir. A-T lenfositlerindeki kromozomal anormallikler primer olarak T hücrelerini tutmakta, bu ise B lenfositlere göre T lenfositlerinde antijen reseptör degisikliklerinin farkli mekanizmalar ile degisik tümör supresör etkisinde oldugu olasiligini ortaya çikarmaktadir. Simdiye kadar ATM’nin hücrelerdeki islevi yüzeyel olarak anlasilmistir. A-t’li hastalar ve hücre serilerinde çift zincirli DNA kirilmalarina yol açan bleomisin ya da iyonizan radyasyonun etkilerine karsi duyarlilik artisi oldugu görülmüstür. Ek olarak, A-T hücrelerinde DNA hasarlarinda hücre döngüsü düzenlemelerinde anormallik sergilenmektedir. ATM dogrudan DNA hasarlarini onariyor görünmemektedir, A-t’li hücrelerden anlasildigi kadariyla DNA onarim yetersizliklerinde herhangi bir sabit anormallik görülmemektedir (145).  V(D)J  rekombinasyonunda ATM’nin dogrudan rolü A-T fibroblastlarinda yapilan plasmid rekombinasyonlarinin normal rearanjmanlarina benzerlik oldugu görülmektedir (146). ATM, serin-treonin kinaz aktivitesindeki, apoptozis yolaginda hücre döngüsünü kontrol etmede rol oynayan in vitro ve in vivo bir çok sayida tesbit edilen substratlardan bir proteindir (147-150). Normalde ATM, DNA kiriklarinda p53’e fosfor ekler ve A-T hücrelerindeki DNA hasarlarinda p53 birikimi yok ya da gecikmistir. ATM islevlerinin A-T hastalarinin klinik ve biyokimyasal görünümünde sinyal olusturucu rolü vardir. Bunu DNA hasarini belirleyen molekülden gelen uyariyi alarak, dogrudan lezyona baglanarak yapar. Hücre döngüsünün durdurulmasindan apoptozise geçiste uygulayici molekül görevi yapmaktadir. V(D)J rekombinasyonu sirasindaki DNA kiriklarindaki ATM’nin olasi yaniti belirlenememistir. Onarim yolunu baskilamakta ya da anormal birlesimlere bagli artan risklere karsi hücre yasamini sinirlandirmaktadir.

 

Nijmegen breakage sendromu (NBS):

NBS ilk kez 1981’de A-t’nin klinik bir varyanti olarak tanimlanmistir (151). NBS hastalarinda, A-T için karakteristik olan ataksi ve telenjiektaziler yerine mikrosefali, sinirda zeka geriligi ve belirgin büyüme geriligi vardir. Hastaligin diger özellikleri benzerlik tasimaktadir; radyasyona asiri duyarlilik artisi, lenfositlerdeki antijen reseptör lokuslarindaki tipik kromozom rearanjmanlari ve özellikle lenfoid kökenli malignensi gelisimine egilim artisi (Wegner ve ark. [152]). NBS oldukça nadirdir. Uluslar arasi Nijmegen kayitlarinda 100’den daha az hasta bulunmaktadir. Bugüne kadar hastalarin % 40’İnda malignensi gelismis ve bunlarin da % 85’inde lösemi ve lenfoma görülmüstür. A-t’deki duruma karsit olacak Sekilde, en sik lenfoid tümör B hücre kökenli NHL’dir. NBS hastalarinin çogunda mutasyona ugrayan NBS1 geninin yerlesiminin tesbiti ile açikça A-T ve NBS’nin farkli hastaliklar oldugu gösterilmistir (153,154).  Buradaki proteinin yapisal olar5ak benzedigi baska bilinen herhangi bir protein bilinememektedir. Biyokimyasal çalismalar bu formlarin (nibrin) Rad50 ve Mre11 genlerinin ürünlerini içeren multiprotein yapisinda oldugu ve fibroblast çekirdegine yaygin olarak dagildigini göstermektedir (155).  Defektif NBS hücrelerinin subnükleer bölgelerin radyasyonu ile elde edilen bilgiler isiginda bu komplekslerin çekirdekte odaklandigi anlasilmistir (155,156). Mre11, 38 den 58’e ekzonükleaz aktivitesi olan tek zincirli endonükleaz aktiviteli DNA hasarlarini onariminda çalismaktadir (157). Rag 1 ve 2 etkisinde olusan kirik olusumundan sonra toplu igne bagi görünümünü saglayan substratlar arasinda (158,159),  V(D)J rekombinasyonunda kompleks olusumunda görevli bir rolü oldugu düsünülmektedir. Ek olarak, mayalardan elde edilen bilgilere göre, çift zincirli DNA uçlarinin onariminda son baglanmayi ya da Ku proteinleri olarak bilinen Xrs2/Rad50/Mre11 kompleksi ile benzerligi olmayan son katilimi saglamaktadir (160). A-T ve NBS arasindaki klinik ve hücre fenotip benzerligi  ATM ve nibrin proteinlerinin DNA hasarlarina verdikleri yanitta da benzerlik tasidiklarini ve neden lenfoid malignensilerin parolojilerinde görüldüklerinin de yanitini olusturmaktadir.

 

Bloom’s Sendromu:

Bloom’s sendromu, otozomal resesif, gelisme geriligi, günes gören bölgelerde eritremik telenjiektaziler, hümoral bagisiklikta defekt ve kanser insidansinda beklenmeyecek derecede artis görülen bir hastaliktir. Hastalik bakteride reqq DNA helikaz benzeri olan BLM gen mutasyonu ile karakterizedir (161). Son çalismalarda kayitli 168 Bloom’s sendromlu hastanin 71’inde 100 kanser gelistigini rapor etmektedir (162). Ortalama yas 25 olup, tümörler çesitlilik göstermektedir. En sik görülen kanser NHL’dir, kayitlardaki tümörlerin % 21’ini olusturmaktadir ve akut lenfoblastik lösemilerde belirgin artis görülmektedir. Bloom’s sendromlu hastalarin hücreleri mutator fenotip ve kendiliginden gelisen anormalliklerin görüldügü genetik instabilite göstermektedir, bir kisminda ise homolog kromozomlar arasinda rekombinasyonlar olusmaktadir (163-165). Bu anormallikler A-t’de görülen antijen reseptör lokuslarinin etkilenmesinden farklidir ve etkileri henüz bilinmemektedir. BLM geni dogrudan V(D)J  rekombinasyonu ile iliskili görünmemekte, plasmid rekombinasyon deneylerinde Bloom’s sendromu fibroblastlari normal görünmektedir (146). Daha çok Bloom’s sendromlu hastalarin lenfositlerindeki Ig genlerinin somatik mutasyonlarinin normal düzeylerde oldugu izlenmektedir (166). Ulasilan bilgilerden elde edildigine göre Bloom’s sendromunda lenfoid malignensi insidans artisinin nedenleri belirgin olmamakta, antijen reseptör degiskenlik islemleri ya da ana genomik bütünlükte genel hücresel defektler izlenmektedir.

 

Farelerde Gen Eksikliklerinde Lenfoma duyarliligi

Lenfomalar, genetik olarak mutant zincirler içeren farelerde kendiliginden gelistiginden insandaki lenfoma gelisimlerinin patogenezini anlamak için önemli modeller olusturmaktadir. Ancak farelerde en sik görülen lenfoid malignensiler timik lenfomalar oldugu için insanlarla karsilastirma yapmak güçtür. Farelerde p53’de hiç mutasyon olmadan bireylerin üçte ikisi gibi yüksek oranda lenfoma gelisebilmektedir (167,168). Ancak yinede bir çok timik tümör yani sira periferik B hücreli lenfoma da rapor edilmistir. DNA-pkcs’si etkilenmis Scid mutasyonlu, 12 haftalik bazi fare kolonilerinde ana-babalarina göre timik lenfoma gelisim sikligi % 15 artmistir (169). Bir çok grupta Scid mutasyonlu ve p53 mutasyonsuz (Scid p532/2) serilerde yaygin B serisi lenfomalar, ana-babalarina göre çok daha genç yaslarda ve % 100 görülebilmektedir (170-172). Bu grupta agresif Scid p532/2 lenfoma tasiyicisi, kromozom 12 telomerine yakin ıgh’i etkileyen kromozom translokasyonu oldugu izlenmistir (173). Bu translokasyona en çok katilan kromozom 15’dir. Ancak murinlerdeki t(12;15) mineral yaglarla gelisen plasmositomlara göre, kromozom 12’de c-myc onkogeni görülmediginden, Scid p532/2 lenfomalarinda farkli bir onkogen varligi düsünülmektedir. Tümörler pro-B hücrelerinden gelismekte, fizyolojik ıgh rearanjmani yapmaktadir. Bu durum Scid pro-B hücrelerinde ıgh rearanjmani gerçeklesmesi sirasinda translokasyon gelistigini düsündürmektedir. Bu tartisma, Rag2 eksikligi olan mutasyonlarda pro-B hücreli lenfomalarda t(12;15) translokasyonunun engellenmesi ile desteklenmekte, bu yolla Scid p532/2 zincirlilerde onkojenik yolagin baslamasi için V(D)J  rekombinasyonunun gerekli oldugunu ortaya çikarmaktadir. Pro-B hücreli lenfomalarda t(12;15) ayni anda Ku862/2 p532/2 farelerde ayni zamanda gözlenmektedir (A. Nussenzweig, kisisel bilgi). Scid p532/2 Pro-B–hücreli lenfomalarin patogenezi öncül hiçbir sitogenetik marker olmamasina ragmen timik lenfomali p532/2 farelerde çok farklilik göstermektedir (173,174). Ayni zamanda Rag1 ve 2 eksikligi olan farelerle esit siklikta izlenmektedir (173-175). The predisposition to t(12;15) lenfomalarinda hazirlayici etken olarak DNA-pkcs ve p53 islevlerinin V(D)J rekombinasyonu sirasinda onkojenik DNA rearanjmanlarinin fizyolojik olarak baskilandigini gösteren iki önemli göstergesi: DNA kesimlerinin Rag etkisinde DNA uçlarinin geri katiliminina olan etkisi ve DNA hasarlarina olan hücresel yanitin saglam olmasidir (Sek. 3). P53 posttranslasyonal modifikasyon ile stabillestirilmekte ve çift zincirli DNA yaniti hizla birikmektedir. Buna bagli olarak hücre döngüsü G1/S fazinda p53 baglanarak durdurulmakta, böylece DNA onarilmakta ya da apoptozise gidilmektedir (176-178). Lenfositte, apoptotik yanitta p53 indüksiyonu asildir (177,178). Scid’de lenfoid prekürsörler antijen reseptör lokuslarinda Rag etkisindeki DNA durmasi gerçeklesmesi p53 etkisinde aktivasyon ve apoptozis gerçeklesmektedir (171,179,180). Scid p532/2 farelerdeki, DNA hasarlarina yanitta p53 yetersizligi,  erken timosit gelisimini kismen kurtarilmasina olanak vermektedir. Çünkü DNA-PK bagimsiz islemlerde digerlerinin yetersiz olmasina karsilik T hücre öncülleri sinirli da olsa TCR genlerinin gelisimini saglayacak kadar yasamlarini sürdürmektedirler (170-172). Bunun yaninda Szcid pro-B hücrelerde p53 bagimli apoptozis yetersizligi, kromozom 15’deki ıgh lokusunun diger bölgelere eklenmesine olanak tanimaktadir.  P53 mutasyonu lenfoma gelisimine olanak sagladigi gibi baska herhangi bir yerdeki onkojenik yolaklari da harekete geçirmektedir. Insandaki lenfomalarda, p53 mutasyonu sabit bir bulgu degildir, temel olarak agresif diger tiplerle ve relapslarla da iliskili olarak malign dönüsüme katkida bulunmaktadir (181-183). P53 mutasyonu olmasina karsilik, Li-Fraumeni sendromlu hastalarda lenfoid malignensiler, ön planda degildir (184-186). DNA hasarlarina verilen hücresel yanittaki karmasiklik, bu yolakta diger genlerin de çalistiginigenomik instabilitede lenfoidlere özgü mekanizmalarin olabilecegini akla getirmektedir. V(D)J rekombinasyon ve/veya DNA hasar yanitinda defekt olan farelerde lenfoma gelisimi oldukça degiskenlik göstermektedir. Sadece Atm geni yoklugu olan farelerde timik lenfoma sikliginda yükseklik izlenmektedir. Sitogenetik çalismalar bu tümörlerin karmasik karyotipik anomaliler gösterdigini, translokasyonlarin kromozom 14’de yer aldigini, fare TCR α/δ komplekslerini etkiledigini göstermektedir (187,188). Bu tümörlerin TCR lokuslarinin önlerindeki uçlarda translokasyonlar rapor edilmemistir. T lenfoid malignensili farelerde V(D)J rekombinaz komponenti Ku70’in arttigini (31,189), birlikte Scid ve PARP sifir mutasyonlar izlendigini (190), farelerde oldugu gibi DNA mismatc onarim geni olan MSH2 eksikligi görülmektedir (191-193). Sitogenetik çalismalar, sinirli sayidaki fare lenfoid tümörlerindeki uygulamalarin, insanlardaki lenfoid malignensilerin patogenezinde yeni içgörü saglamaktadir. Ancak hiç Süphesiz, fare karyotipindeki kalitsal degisiklikler üzerine yapilan spektral karyotipleme (188) ya da kromozom özgün prob panel (194) gibi teknik çalismalar faredeki lenfoid malignensilerle iliskili genetik defektleri belirlemeyi kolaylastirici olabilecektir.

REFERANSLAR

1. Alt FW, Oltz EM, Young F, Gorman J, Taccioli G, Chen J: VDJ recombination. Immunol Today 13:313, 1992

2. Willerford DM, Swat W, Alt FW: Developmental regulation of V(D)J recombination and lymphocyte differentiation. Curr Opin Genet Dev 6:603, 1996

3. Oettinger MA, Schatz DG, Gorka C, Baltimore DG: RAG-1 and RAG-2, adjacent genes that synergistically activate V(D)J recombination. Science 248:1517, 1990

4. van Gent DC, McBlane JF, Ramsden DA, Sadofsky MJ, Hesse JE, Gellert M: Initiation of V(D)J recombination in a cell-free system. Cell 81:925, 1995

5. McBlane JF, van Gent DC, Ramsden DA, Romeo C, Cuomo CA, Oettinger MA: Cleavage at a V(D)J recombination signal requires only RAG1 and RAG2 proteins and occurs in two steps. Cell 83:387, 1995

6. Eastman QM, Leu TM, Schatz DG: Intitiation of V(D)J recombination in vitro obeying the 12/23 rule. Nature 380:85, 1996

7. van Gent DC, Ramsden DA, Gellert M: The Rag-1 and Rag-2 proteins establish the 12/23 rule in V(D)J recombination. Cell 85:107, 1996

8. Hiom K, Gellert M: Assembly of a 12/23 paired signal complex:A critical control point in V(D)J recombination. Mol Cell 1:1011, 1998

9. Shinkai Y, Rathbun G, Lam KP, M. Oltz EM, Stewart V, Mendelsohn M, Charron J, Datta M, Young F, Stall AM, Alt FW: RAG-2 deficient mice lack mature lymphocytes owing to inability to initate V(D)J rearrangement. Cell 68:855, 1992

10. Mombaerts P, Iacomini J, Johnson RS, Herrup K, Tonegawa S, Papaioannou VE: RAG-1 deficient mice have no mature B and T lymphocytes. Cell 68:869, 1992

11. Schwartz K, Gauss GH, Ludwig L, Pannicke U, Li Z, Lindner D, Friedrich W, Seger RA, Hansen-Hagge TE, Desiderio S, Lieber MR, Bartram CR: RAG mutations in human B cell-negative SCID. Science 274:97, 1996

12. Villa A, Santagata S, Bozzi F, Giliani S, Frattini A, Imberti L, Gatta LB, Ochs HD, Schwarz K, Notarangelo LD,Vezzoni P, Spanopoulou E: Partial V(D)J recombination activity leads to Omenn syndrome. Cell 93:885, 1998

13. Taccioli GE, Rathbun G, Oltz E, Stamato T, Jeggo PA, Alt FW: Impairment of V(D)J recombination in double-strand break repair mutants. Science 260:207, 1993

14. Taccioli GE, Alt FW: Potential targets for autosomal SCID mutations. Curr Opin Immunol 7:436, 1992

15. Shimizu T, Iwasato T, Yamagishi H: Deletions of immunoglobulin C kappa region characterized by the circular excision products in mouse splenocytes. J Exp Med 173:1065, 1991

16. Roth DB, Lindahl T, Gellert M: Repair and recombination. How to make ends meet. Curr Biol 5:496, 1995

17. Gottlieb TM, Jackson SP: The DNA-dependent protein kinase: Requirement for DNA ends and association with Ku antigen. Cell 72:131, 1993

18. Hartley KO, Gell D, Smith GC, Zhang H, Divecha N, Connelly MA, Admon A, Lees-Miller SP, Anderson CW, Jackson SP: DNAdependent protein kinase catalytic subunit: A relative of phosphatidylinositol 3-kinase and the ataxia telangiectasia gene product. Cell 82:849, 1995

19. Blunt T, Finnie NJ, Taccioli GE, Smith GC, Demengeot J, Gottleib TM, Mizuta R, Varghese AJ, Alt FW, Jeggo PA, Jackson S: Defective DNA-dependent protein kinase activity is linked to V(D)J recombination and DNA repair defects associated with the murine scid mutation. Cell 80:813, 1995

20. Kirchgessner CU, Patil CK, Evans JW, Cuomo CA, Fried LM, Carter T, Oettinger MA, Brown JM: DNA-dependent protein kinase (p350) as a candidate gene for the murine SCID defect. Science 267:1178, 1995

21. Gao Y, Chaudhuri J, Zhu C, Davidson L, Weaver DT, Alt FW: A targeted DNA-PKcs-null mutation reveals DNA-PK-independent functions for KU in V(D)J recombination. Immunity 9:367, 1998

22. Taccioli GT, Amatucci AG, Beamish HJ, Gell D, Xiang CH, Arzayus MIT, Priestley A, Jackson SP, Rothstein AM, Jeggo PA, Herrera VLM: Targeted disruption of the catalytic subunit of the DNA-PK gene in mice confers severer combined immunodeficiency and radiosensitivity. Immunity 9:355, 1998

23. Bogue MA, Jhappan C, Roth DB: Analysis of variable (diversity) joining recombination in DNAdependent protein kinase (DNA-PK)- deficient mice reveals DNA-PK-independent pathways for both signal and coding joint formation. Proc Natl Acad Sci USA 95:15559, 1998

24. Lieber MR, Hesse JE, Lewis S, Bosma GC, Rosenberg N, Mizuuchi K, Bosma MJ, Gellert M: The defect in murine severe combined immune deficiency: Joining of signal sequences but not coding segments in V(D)J recombination. Cell 55:7, 1988

25. Malynn BA, Blackwell TK, Fulop GM, Rathbun GA, Furley AJW, Ferrier P, Heinke LB, Phillips RA, Yancopoulos GD, Alt FW: The scid defect affects the final step of the immunoglobulin VDJ recombinase mechanism. Cell 54:453, 1988

26. Smider V, Rathmell WK, Lieber MR, Chu G: Restoration of x-ray resistance and V(D)J recombination in mutant cells by Ku cDNA. Science 266:288, 1994

27. Gu Y, Jin S, Gao Y, Weaver DT, Alt FW: Ku70-deficient embryonic stem cells have increased ionizing radiosensitivity, defective DNA end-binding activity, and inability to support V(D)J recombination. Proc Natl Acad Sci USA 94:8076, 1997

28. Zhu C, Bogue MA, Lim D-S, Hasty P, Roth DB: Ku86-deficient mice exhibit severe combined immunodeficiency and defective processing of V(D)J recombination intermediates. Cell 86:379, 1996

29. Nussenzweig A, Chen C, da Costa Soares V, Sanchez M, Sokol K, Nussenzweig MC, Li GC: Requrement for Ku80 in growth and immunoglobulin V(D)J recombination. Nature 382:551, 1996

30. Ouyang H, Nussenzweig A, Kurimasa A, Soares VC, Li X, Cordon-Cardo C, LiW, Cheong N, Nussenzweig M, Iliakis G, Chen DJ, Li GC: Ku70 is required for DNA repair but not for T cell antigen receptor gene recombination in vivo. J Exp Med 186:921, 1997

31. Gu Y, Seidl K, Rathbun GA, Zhu C, Manis JP, van der Stoep N, Davidson L, Cheng H-L, Skiguchi JM, Frank K, Stanhope-Baker P, Schlissel MS, Roth DB, Alt FW: Growth retardation and leaky scid phenotype of Ku70-deficient mice. Immunity 7:653, 1997

32. Li Z, Otevrel T, Gao Y, Cheng HL, Seed B, Stamato TD, Taccioli GE, Alt FW: The XRCC4 gene encodes a novel protein involved in DNA double-strand break repair and V(D)J recombination. Cell 83: 1079, 1995

33. Grawunder U, Zimmer D, Fugmann S, Schwarz K, Lieber MR: DNA ligase IV is essential for V(D)J recombination and DNA double-strand break repair in human precursor lymphocytes. Mol Cell 2:477, 1998

34. Grawunder U, Wilm M, Wu X, Kulesza P, Wilson TE, Mann M, Lieber MR: Activity of DNA ligase IV stimulated by complex formation with XRCC4 protein in mammalian cells. Nature 388:492, 1997

35. Critchlow SE, Bowater RP, Jackson SP: Mammalian DNA double-strand break repair protein XRCC4 interacts with DNA ligase IV. Curr Biol 7:588, 1997

36. Frank KM, Sekiguchi JM, Seidl KJ, Swat W, Rathbun GA, Cheng HL, Davidson L, Kangaloo L, Alt FW: Late embryonic lethality and impaired V(D)J recombination in mice lacking DNA ligase IV. Nature 396:173, 1998

37. Gao Y, Sun Y, Frank KM, Dikkes P, Fujiwara Y, Seidl KJ, Sekiguchi JM, Rathbun GA, SwatW,Wang J, Bronson RT, Malynn BA, Bryans M, Zhu C, Chaudhuri J, Davidson L, Ferrini R, Stamato T, Orkin SH, Greenberg ME, Alt FW: A critical role for DNA end-joining proteins in both lymphogenesis and neurogenesis. Cell 95:891, 1998

38. Wu Q, Maniatis T: A striking organization of a large family of human neural cadherin-like cell adhesion genes. Cell 97:779, 1999

39. Sleckman BP, Gorman J, Alt FW: Accessibility control of antigen-receptor variable-region gene assembly: Role of cis-acting elements. Annu Rev Immunol 14:459, 1996

40. Stanhope-Baker P, Hudson KM, Shaffer AL, Constantinescu A, Schlissel MS: Cell type-specific chromatin structure determines the targeting of V(D)J recombinase activity in vitro. Cell 85:887, 1996

41. Villey I, Caillol D, Selz F, Ferrier P, de Villartay J-P: Defect in rearrangement of the most 58 TCR-Ja following targeted deletion of T early a (TEA): Implications for TCR a locus accessibility. Immunity 5:331, 1996

42. Whitehurst CJ, Chattopadhyay S, Chen J: Control of V(D)J recombinational acessibility of the Db1 gene segment at the TCRb locus by a germline promoter. Immunity 10:313, 1999

43. Stavnezer J: Antibody class switching. Adv Immunol 61:79, 1996

44. Iwasato T, Shimizu A, Honjo T, Yamagishi H: Circular DNA is excised by immunoglobulin class switch recombination. Cell 62:143, 1990

45. Kinoshita K, Tashiro J, Tomita S, Lee CG, Honjo T: Target specificity of immunoglobulin class switch recombination is not determined by nucleotide sequences of S regions. Immunity 9:849, 1998

46. Stavnezer J: Immunoglobulin class switching. Curr Opin Immunol 8:199, 1996

47. Rolink A, Melchers F, Andersson J: The SCID but not the RAG-2 gene product is required for S mu-S epsilon heavy chain class switching. Immunity 5:319, 1996

48. Lansford R, Manis JP, Sonoda E, Rajewsky K, Alt FW: Ig heavy chain class switching in Rag-deficient mice. Int Immunol 10:325, 1998

49. Snapper CM, Marcu KB, Zelazowski P: The immunoglobulin class switch: Beyond ‘‘accessibility.’’ Immunity 6:217, 1997

50. Cogne M, Lansford R, Bottaro A, Zhang J, Gorman J, Young F, Cheng HL, Alt FW: A class switch control region at the 38 end of the immunoglobulin heavy chain locus. Cell 77:737, 1994

51. Manis JP, van der Stoep N, Tian M, Ferrini R, Davidson L, Bottaro A, Alt FW: Class switching in B cells lacking 38 immunoglobulin heavy chain enhancers. J Exp Med 188:1421, 1998

52. Madisen L, Groudine M: Identification of a locus control region in the immunoglobulin heavy-chain locus that deregulates c-myc expression in plasmacytoma and Burkitt’s lymphoma cells. Genes Dev 8:2212, 1994

53. Jung S, Rajewsky K, Radbruch A: Shutdown of class switch recombination by deletion of a switch region control element. Science 259:984, 1993

54. Zhang J, Bottaro A, Li S, Stewart V, Alt FW:Aselective defect in IgG2b switching as a result of targeted mutation of the I gamma 2b promoter and exon. EMBO J 12:3529, 1993

55. Bottaro A, Lansford R, Xu L, Zhang J, Rothman P, Alt FW: S region transcription per se promotes basal IgE class switch recombination but additional factors regulate the efficiency of the process. EMBO J 13:665, 1994

56. Lorenz M, Jung S, Radbruch A: Switch transcripts in immunoglobulin class switching. Science 267:1825, 1995

57. Hein K, Lorenz MG, Siebenkotten G, Petry K, Christine R, Radbruch A: Processing of switch transcripts is required for targeting of antibody class switch recombination. J Exp Med 188:2369, 1998

58. Manis JP, Gu Y, Lansford R, Sonoda E, Ferrini R, Davidson L, Rajewsky K, Alt FW: Ku70 is required for late B cell development and immunoglobulin heavy chain class switching. J Exp Med 187:2081, 1998

59. Casellas R, Nussenzweig A, Wuerffel R, Pelanda R, Reichlin A, Suh H, Qin XF, Besmer E, Kenter A, Rajewsky K, Nussenzweig MC: Ku80 is required for immunoglobulin isotype switching. EMBO J 17:2404, 1998

60. Neuberger MS, Milstein C: Somatic hypermutation. Curr Opin Immunol 7:248, 1995

61. Storb U: The molecular basis of somatic hypermutation of immunoglobulin genes. Curr Opin Immunol 8:206, 1996

62. Storb U: Progress in understanding the mechanism and consequences of somatic hypermutation. Immunol Rev 162:5, 1998

63. Kim M, Storb U: The role of DNA repair in somatic hypermutation of immunoglobulin genes. J Exp Med 187:1729, 1998

64. Wood RD: DNA repair: Knockouts still mutating after first round. Curr Biol 8:R757, 1998

65. Kelsoe G: V(D)J hypermutation and DNA mismatch repair: Vexed by fixation. Proc Natl Acad Sci USA 95:6576, 1998

66. Vora KA, Tumas-Brundage KM, Lentz VM, Cranston A, Fishel R, Manser T: Severe attenuation of the B cell immune response in Msh2-deficient mice. J Exp Med 189:471, 1999

67. Goossens T, Klein U, Kuppers R: Frequent occurrence of deletions and duplications during somatic hypermutation: Implications for oncogene translocations and heavy chain disease. Proc Natl Acad Sci USA 95:2463, 1998

68. Wilson PC, de Bouteiller O, Liu YJ, Potter K, Banchereau J, Capra JD, Pascual V: Somatic hypermutation introduces insertions and deletions into immunoglobulin V genes. J Exp Med 187:59, 1998

69. Sale JE, Neuberger MS: TdT-accessible breaks are scattered over the immunoglobulin V domain inn a constitutively hypermutating B cell line. Immunity 9:859, 1998

70. Radic MZ, Zouali M: Receptor editing, immune diversification, and self-tolerance. Immunity 5:505, 1996

71. Nussenzweig MC: Immune receptor editing: Revise and select. Cell 95:875, 1998

72. Chen C, Nagy Z, Prak EL, Weigert M: Immunoglobulin heavy chain gene replacement: A mechanism of receptor editing. Immunity 3:747, 1995

73. Chen C, Prak EL,Weigert M: Editing disease-associated autoantibodies. Immunity 6:97, 1997

74. Jacob J, Kelsoe G, Rajewsky K,Weiss U: Intraclonal generation of antibody mutants in germinal centres. Nature 354:389, 1991

75. Liu YJ, Arpin C: Germinal center development. Immunol Rev 156:111, 1997

76. MacLennan IC, Liu YJ, Johnson GD: Maturation and dispersa of B-cell clones during T cell-dependent antibody responses. Immunol Rev 126:143, 1992

77. Liu YJ, Malisan F, de Bouteiller O, Guret C, Lebecque S, Banchereau J, Mills FC, Max EE, Martinez-Valdez H: Within germinal centers, isotype switching of immunoglobulin genes occurs after the onset of somatic mutation. Immunity 4:241, 1996

78. Han S, Zheng B, Schatz DG, Spanopoulou E, Kelsoe G: Neoteny in lymphocytes: Rag1 and Rag2 expression in germinal center B cells. Science 274:2094, 1996

79. Hikida M, Mori M, Takai T, Tomochika K, Hamatani K, Ohmori H: Reexpression of Rag-1 and Rag-2 genes in activated mature mouse B cells. Science 274:2092, 1996

80. Han S, Dillon SR, Zheng B, Shimoda M, Schlissel MS, Kelsoe G: V(D)J recombinase activity in a subset of germinal center B lymphocytes. Science 278:301, 1997

81. Papavasiliou F, Casellas R, Suh H, Qin X-F, Besmer E, Pelanda R, Nemazee D, Rajewsky K, Nussenzweig MC: V(D)J recombination in mature B cells:Amechanism for altering antibody responses. Science 278:298, 1997

82. Yu W, Nagaoka H, Jankovic M, Misulorin Z, Suh H, Rulink A, Melchers F, Meltre E, Nussenzweg MC: Continued RAG expression in late stages of B cell development and no apparent reinduction after immunization. Nature 400:682, 1999

82a. Monroe RJ, Seidl KJ, Gaertner F, Han S, Sekiguchi J, Wang J, Ferrini R, Davidson L, Kelsoc G, Alt FW: Rag 2: GFP knockin mice reveal novel aspects of Rag2 expression in primary and peripheral lymphoid tissues. Immunity 11:201, 1999

83. McMahan CJ, Fink PJ: RAG reexpression and DNA recombination at T cell receptor loci in peripheral CD41 T cells. Immunity 9:637, 1998

84. Drexler HG, MacLeod RAF, Borkhardt A, Janssen JWG: Recurrent chromosomal translocations and fusion genes in leukemialymphoma cell lines. Leukemia 9:480, 1995

85. Finger LR, Harvey RC, Moore RCA, Showe LC, Croce CM: A common michanism of chromosomal translocation in T- and B-cell neoplasia. Science 234:982, 1986

86. Korsmeyer SJ: Chromosomal translocations in lymphoid malignancies reveal novel proto-oncogenes.Annu Rev Immunol 10:785, 1992

87. Magrath I: Molecular basis of lymphomagenesis. Cancer Res 52:5529s, 1992

88. Rabbitts TH: Chromosomal translocations in human cancer. Nature 372:143, 1994

89. Tycko B, Sklar J: Chromosomal translocations in lymphoid neoplasia: Areappraisal of the recombinase model. Cancer Cells 2:1, 1990

90. Showe LC, Croce CM: The role of chromosomal translocations in B- and T-cell neoplasia. Annu Rev Immunol 5:253, 1987

91. Adams JM, Gerondakis S, Webb E, Corcoran LM, Cory S: Cellular myc oncogene is altered by chromosome translocation to an immunoglobulin locus in murine plasmacytomas and is rearranged similarly in human Burkitt lymphomas. Proc Natl Acad Sci USA 80:1982, 1983

92. Dalla-Favera R, Bregni M, Erikson J, Patterson D, Gallo RC, Croce CM: Human c-myc onc gene is located on the region of chromosome 8 that is translocated in Burkitt lymphoma cells. Proc Natl Acad Sci USA 79:7824, 1982

93. Taub R, Kirsch I, Morton C, Lenoir G, Swan D, Tronick S, Aaronson S, Leder P: Translocation of the c-myc gene into the immunoglobulin heavy chain locus in human Burkitt lymphoma and murine plasmacytoma cells. Proc Natl Acad Sci USA 79:7837, 1982

94. Erikson J, Nishikura K, ar-Rushdi A, Finan J, Emanuel B, Lenoir G, Nowell PC, Croce CM: Translocation of an immunoglobulin kappa locus to a region 38 of an unrearranged c-myc oncogene enhances c-myc transcription. Proc Natl Acad Sci USA 80:7581, 1983

95. Hollis GF, Mitchell KF, Battey J, Potter H, Taub R, Lenoir GM, Leder P: A variant translocation places the lambda immunoglobulin genes 38 to the c-myc oncogene in Burkitt’s lymphoma. Nature 307:752, 1984

96. Lenoir GM, Preud’homme JL, Bernheim A, Berger R: Correlation between immunoglobulin light chain expression and variant translocation in Burkitt’s lymphoma. Nature 298:474, 1982

97. Henriksson M, Luscher B: Proteins of the Myc network: Essential regulators of cell growth and differentiation. Adv Cancer Res 68:109, 1996

98. Dang CV: c-Myc target genes involved in cell growth, apoptosis, and metabolism. Mol Cell Biol 19:1, 1999

99. Adams JM, Harris AW, Pinkert CC, Corcoran LM, Alexander WS, Cory S, Palmiter RD, Brinster RL: The c-myc oncogene driven by immunoglobulin enhancers induced lymphoid malignancies in transgenic mice. Nature 318:533, 1985

100. Langdon WY, Harris AW, Cory S, Adams JM: The c-myc oncogene perturbs B lymphocyte development in E-mu-myc transgenic mice. Cell 47:11, 1986

101. Leder A, Pattengale PK, Kuo A, Stewart TA, Leder P: Consequences of widespread deregulation of the c-myc gene in transgenic mice: Multiple neoplasms and normal development. Cell 45:485, 1986

102. Bakhshi A, Jensen JP, Goldman P, Wright JJ, McBride OW, Epstein AL, Korsmeyer SJ: Cloning the chromosomal breakpoint of t(14;18) human lymphomas: Clustering around JH on chromosome 14 and near a transcriptional unit on 18. Cell 41:899, 1985

103. Cleary ML, Sklar J: Nucleotide sequence of a t(14;18) chromosomal breakpoint in follicular lymphoma and demonstration of a breakpoint cluster region near a transcriptionally active locus on chromosome 18. Proc Natl Acad Sci USA 82:7439, 1985

104. Tsujimoto Y, Gorham J, Cossman J, Jaffe E, Croce CM: The t(14;18) chromosome translocations involved in B-cell neoplasms result from mistakes in VDJ joining. Science 22:1390, 1985

105. Yang E, Korsmeyer SJ: Molecular thanatopsis: A discourse on the BCL2 family and cell death. Blood 88:386, 1996

106. Vaux DL, Cory S, Adams JM: Bcl-2 gene promotes haemopoietic cell survival and cooperates with c-myc to immortalize pre-B cells. Nature 335:440, 1988

107. McDonnell TJ, Deane N, Platt FM, Nunez G, Haeger U, McKearn JP, Korsmeyer SJ: bcl-2-immunoglobulin transgenic mice demonstrate extended B cell survival and follicular lymphoproliferation. Cell 57:79, 1989

108. McDonnell TJ, Korsmeyer SJ: Progression from lymphoid hyperplasia to high-grade malignant lymphoma in mice transgenic for the t(14:18). Nature 349:254, 1991

109. Strasser A, Harris AW, Cory S: Eµ-bcl-2 transgene facilitates spontaneous transformation of early pre-B and immunoglobulin secreting cells but not T cells. Oncogene 8:1, 1993

110. Tycko B, Palmer JD, Sklar J: T cell receptor gene transrearrangements: Chimeric g-d genes in normal lymphoid tissues. Science 245:1242, 1989

111. Lipkowitz S, Stern M-H, Kirsch IR: Hybrid T cell receptor genes formed by interlocus recombination in normal and Ataxiatelangiectasia lymphocytes. J Exp Med 172:409, 1990

112. Aster JC, Sklar J: Interallelic V(D)J trans-rearrangement within the beta T cell receptor gene is infrequent and occurs preferentially during attempted D beta to J beta joining. J Exp Med 175:1773, 1992

113. Kobayashi Y, Tycko B, Soreng AL, Sklar J: Transrearrangements between antigen receptor genes in normal human lymphoid tissues and in ataxia telangiectasia. J Immunol 147:3201, 1991

114. Tycko B, Reynolds TC, Smith SD, Sklar J: Consistent breakage between consensus recombinase heptamers of chromosome 9 DNA in a recurrent chromosomal translocation of human T cell leukemia. J Exp Med 169:369, 1989

115. Bakhshi A,Wright JJ, GraningerW, Seto M, Owens J, Cossman J, Jensen JP, Goldman P, Korsmeyer SJ: Mechanism of the t(14;18) chromosomal translocation: Structural analysis of both derivative 14 and 18 reciprocal partners. Proc Natl Acad Sci USA 84:2396, 1987

116. Neri A, Barriga F, Knowles DM, Magrath IT, Dalla-Favera R: Different regions of the immunoglobulin heavy-chain locus are involved in chromosomal translocations in distinct pathogenetic forms of Burkitt lymphoma. Proc Natl Acad Sci USA 85:2748, 1988

117. Wyatt RT, Rudders RA, Zelenetz A, Delellis RA, Krontiris TG: BCL2 oncogene translocation is mediated by a chi-like consensus. J Exp Med 175:1575, 1992

118. Jaeger U, Purtscher B, Delle Karth G, Knap S, Mannhalter C, Lechner K: Mechanism of the chromosomal translocation t(14:18) in lymphoma: Detection of a 45-Kd breakpoint binding protein. Blood 81:1833, 1993

119. Agrawal A, Eastman QM, Schatz DG: Transposition mediated by RAG1 and RAG2 and its implications for the evolution of the immune system. Nature 394:744, 1998

120. Hiom K, Melek M, Gellert M: DNAtransposition by the RAG1 and RAG2 proteins:Apossible source of oncogenic translocations. Cell 94:463, 1998

121. Gutierrez MI, Bhatia K, Barriga F, Diez B, Muriel FS, de Andreas ML, Epelman S, Risueno C, Magrath IT: Molecular epidemiology of Burkitt’s lymphoma from South America: Differences in breakpoint location and Epstein-Barr virus association from tumors in other world regions. Blood 79:3261, 1992

122. Shiramizu B, Barriga F, Neequaye J, Jafri A, Dalla-Favera R, Neri A, Guttierez M, Levine P, Magrath I: Patterns of chromosomal breakpoint locations in Burkitt’s lymphoma: Relevance to geography and Epstein-Barr virus association. Blood 77:1516, 1991

123. Cory S, Gerondakis S, Adams JM: Interchromosomal recombination of the cellular oncogene c-myc with the immunoglobulin heavy chain locus in murine plasmacytomas is a reciprocal exchange. EMBO J 2:697, 1983

124. Gerondakis S, Cory S, Adams JM: Translocation of the myc cellular oncogene to the immunoglobulin heavy chain locus in murine plasmacytomas is an imprecise reciprocal exchange. Cell 36:973, 1984

125. Potter M: Experimental plasmacytomagenesis in mice. Hematol Oncol Clin NorthAm 11:323, 1997

126. Gabrea A, Bergsagel PL, Chesi M, Shou Y, Kuehl WM: Insertion of excised IgH switch sequences causes overexpression of cyclin D1 in a myeloma tumor cell. Mol Cell 3:119, 1999

127. Klein U, Goossens T, Fischer M, Kanzler H, Braeuninger A, Rejewsky K, Kuppers R: Somatic hypermutation in normal and transformed B cells. Immunol Rev 162:261, 1998

128. Rabbitts TH, Forster A, Hamlyn P, Baer R: Effect of somatic mutation within translocated c-myc genes in Burkitt’s lymphoma. Nature 309:592, 1984

129. Migliazza A, Martinotti S, Chen W, Fusco C, Ye BH, Knowles DM, Offit K, Chaganti RS, Dalla-Favera R: Frequent somatic hypermutation of the 58 noncoding region of the BCL6 gene in B-cell lymphoma.Proc Natl Acad Sci USA 92:12520, 1995

130. Shen HM, Peters A, Baron B, Zhu X, Storb U: Mutation of BCL-6 gene in normal B cells by the process of somatic hypermutation of Ig genes. Science 280:1750, 1998

131. Pasqualucci L, Migliazza A, Fracchiolla N, William C, Neri A, Baldini L, Chaganti RS, Klein U, Kuppers R, Rajewsky K, Dalla- Favera R: BCL-6 mutations in normal germinal center B cells: Evidence of somatic hypermutation acting outside Ig loci. Proc Natl Acad Sci USA 95:11816, 1998

132. Peng H-Z, Du M-Q, Koulis A, Aiello A, Dogan A, Pan L-X, Isaacson PG: Nonimmunoglobulin gene hypermutation in germinal center B cells. Blood 7:2167, 1999

133. Gatti RA: Ataxia-telangiectasia, in Scrivner CR, Beaudet AL, Sly WS, Valle D (eds): The Metabolic and Molecular Bases for Inherited Disease (ed 8). New York, NY, McGraw-Hill, 1998

134. Savitsky K, Bar-Shira A, Gilad S, Rotman G, Ziv Y, Vanagaite L, Tagle DA, Smith S, Uziel T, Sfez S, Ashenazi M, Pecker I, Frydman M, Harnik R, Patanjali SR, Simmons A, Clines GA, Sartiel A, Gatti RA, Chessa L, Sanal O, Lavin MF, Jaspers NGJ, Taylor AMR, Arlett CF, Miki T, Weissman SM, Lovett M, Collins FS, Shiloh Y: A single ataxia telangiectasia gene with a product similar to PI-3 kinase. Science  268:1749, 1995

135. Morrell D, Cromartie E, Swift M: Mortality and cancer incidence in 263 patients with ataxia-telangiectasia. J Natl Cancer Inst 77:89, 1986

136. Taylor AM, Metcalfe JA, Thick J, Mak YF: Leukemia and lymphoma in ataxia telangiectasia. Blood 87:423, 1996

137. Vorechovsky I, Luo L, Dyer MJ, Catovsky D, Amlot PL,Yaxley JC, Foroni L, Hammarstrom L, Webster AD, Yuille MA: Clustering of missense mutations in the ataxia-telangiectasia gene in a sporadic T-cell leukaemia. Nat Genet 17:96, 1997

138. Stoppa-Lyonnet D, Soulier J, Lauge A, Dastot H, Garand R, Sigaux F, Stern MH: Inactivation of theATMgene in T-cell prolymphocytic leukemias. Blood 91:3920, 1998

139. Stilgenbauer S, Schaffner C, Litterst A, Liebisch P, Gilad S, Bar-Shira A, James MR, Lichter P, Dohner H: Biallelic mutations in the ATM gene in T-prolymphocytic leukemia. Nat Med 3:1155, 1997

140. Yuille MA, Coignet LJ, Abraham SM, Yaqub F, Luo L, Matutes E, Brito-Babapulle V, Vorechovsky I, Dyer MJ, Catovsky D: ATM is usually rearranged in T-cell prolymphocytic leukaemia. Oncogene 16:789, 1998

141. Stankovic T,Weber P, Stewart G, Bedenham T, Murray J, Byrd PJ, Moss PA, Taylor AM: Inactivation of ataxia telangiectasia mutated gene in B-cell chronic lymphocytic leukaemia. Lancet 353:26, 1999

142. Bullrich F, Rasio D, Kitada S, Starostik P, Kipps T, Keating M, Albitar M, Reed JC, Croce CM: ATM mutations in B-cell chronic lymphocytic leukemia. Cancer Res 59:24, 1999

143. Schaffner C, Stilgenbauer S, Rappold GA, Dohner H, Lichter P: Somatic ATM mutations indicate a pathogenic role of ATM in B-cell chronic lymphocytic leukemia. Blood 94:748, 1999

144. Kojis TL, Gatti RA, Sparkes RS: The cytogenetics of ataxia telangiectasia. Cancer Genet Cytogenet 56:143, 1991

145. Ganesh A, North P, Thacker J: Repair and misrepair of site-specific DNA double-strand breaks by human cell extracts. Mutat Res 299:251, 1993

146. Hsieh CL, Arlett CF, Lieber MR: V(D)J recombination in ataxia telangiectasia, Bloom’s syndrome, and a DNA ligase I-associated immunodeficiency disorder. J Biol Chem 268:20105, 1993

147. Khanna KK, Keating KE, Kozlov S, Scott S, Gatei M, Hobson K, Taya Y, Gabrielli B, Chan D, Lees-Miller SP, Lavin MF: ATM associates with and phosphorylates p53: Mapping the region of interaction. Nat Genet 20:398, 1998

148. Matsuoka S, Huang M, Elledge SJ: Linkage of ATM to cell cycle regulation by the Chk2 protein kinase. Science 282:1893, 1998

149. Canman CE, Lim DS, Cimprich KA, Taya Y, Tamai K, Sakaguchi K, Appella E, Kastan MB, Siliciano JD: Activation of the ATM kinase by ionizing radiation and phosphorylation of p53. Science 281:1677, 1998

150. Banin S, Moyal L, Shieh S, Taya Y, Anderson CW, Chessa L, Smorodinsky NI, Prives C, Reiss Y, Shiloh Y, Ziv Y: Enhanced phosphorylation of p53 by ATM in response to DNA damage. Science 281:1674, 1998

151. Weemaes CM, Hustinx TW, Scheres JM, van Munster PJ, Bakkeren JA, Taalman RD: A new chromosomal instability disorder: The Nijmegen breakage syndrome. Acta Paediatr Scand 70:557, 1981

152. Wegner RD, Chrzanowska KH, Spreling K, Stumm M: Ataxia- Telangiectasia variants (Nijmegen breakage syndrome), in Ochs HD, Smith CIE, Puck JM (eds): Primary Immunodeficiency Diseases, a Molecular and Genetic Approach. Oxford, UK, Oxford, 1999

153. Varon R, Vissinga C, Platzer M, Cerosaletti KM, Chrzanowska KH, Saar K, Beckmann G, Seemanova E, Cooper PR, Nowak NJ, Stumm M,Weemaes CM, Gatti RA,Wilson RK, Digweed M, Rosenthal A, Sperling K, Concannon P, Reis A: Nibrin, a novel DNA doublestrand break repair protein is mutated in Nijmegen breakage syndrome. Cell 93:467, 1998

154. Matsuura S, Tauchi H, Nakamura A, Kondo N, Sakamoto S, Endo S, Smeets D, Solder B, Belohradsky BH, Der Kaloustian VM, Oshimura M, Isomura M, Nakamura Y, Komatsu K: Positional cloning of the gene for Nijmegen breakage syndrome. Nat Genet 19:179, 1998

155. Carney JP, Mase RS, Olivares H, Davis EM, Le Beau M, Yates JRI, Hays L, Morgan WF, Petrini JHJ: The hMre11/hRad50 protein complex and Nijmegen breakage syndrome: Linkage of double-strand break repair to the cellular DNAdamage response. Cell 93:477, 1998

156. Nelms BE, Maser RS, MacKay JF, Lagally MG, Petrini JH: In situ visualization of DNA double-strand break repair in human fibroblasts. Science 280:590, 1998

157. Haber JE: The many interfaces of Mre11. Cell 95:583, 1998

158. Paull TT, Gellert M: The 38 to 58 exonuclease activity of Mre 11 facilitates repair of DNAdouble-strand breaks. Mol Cell 1:969, 1998

159. Paull TT, Gellert M: Nbs1 potentiatesATP-driven DNAunwinding and endonuclease cleavage by the Mre11/Rad50 complex. Genes Dev 13:1276, 1999

160. Critchlow SE, Jackson SP: DNA end-joining: from yeast to man. Trends Biochem Sci 23:394, 1998

161. Ellis NA, Groden J, Ye TZ, Straughen J, Lennon DJ, Ciocci S, Proytcheva M, German J: The Bloom’s syndrome gene product is homologous to RecQ helicases. Cell 83:655, 1995

162. German J: Bloom’s syndrome. XX. The first 100 cancers. Cancer Genet Cytogenet 93:100, 1997

163. Chaganti RS, Schonberg S, German J: A manyfold increase in sister chromatid exchanges in Bloom’s syndrome lymphocytes. Proc Natl Acad Sci USA 71:4508, 1974

164. Warren ST, Schultz RA, Chang CC, Wade MH, Trosko JE: Elevated spontaneous mutation rate in Bloom syndrome fibroblasts. Proc Natl Acad Sci USA 78:3133, 1981

165. Langlois RG, Bigbee WL, Jensen RH, German J: Evidence for increased in vivo mutation and somatic recombination in Bloom’s syndrome. Proc Natl Acad Sci USA 86:670, 1989

166. Sack SZ, Liu Y, German J, Green NS: Somatic hypermutation of immunoglobulin genes is independent of the Bloom’s syndrome DNAhelicase. Clin Exp Immunol 112:248, 1998

167. Donehower LA, Harvey M, Slagle BL, McArthur MJ, Montgomery CA Jr, Butel JS, Bradley A: Mice deficient for p53 are developmentally normal but susceptible to spontaneous tumours. Nature 356:215, 1992

168. Donehower LA, Harvey M, Vogel H, McArthur MJ, Montgomery CAJr, Park SH, Thompson T, Ford RJ, Bradley A: Effects of genetic background on tumorigenesis in p53-deficient mice. Mol Carcinogen 14:16, 1995

169. Bosma MJ, Carroll AM: The SCID mouse mutant: Definition, characterization, and potential uses. Annu Rev Immunol 9:323, 1991

170. Bogue MA, Zhu C, Aguilar-Cordova E, Donehower LA, Roth DB: p53 is required for both radiation-induced differentiation and rescue of V(D)J rearrangement in scid mouse thymocytes. Genes Dev 10:553, 1996

171. Guidos CJ, Williams CJ, Grandal I, Knowles G, Huang MTF, Danska JS: V(D)J recombination activates a p53-dependent DNA damage checkpoint in scid lymphocyte precursors. Genes Dev 10:2038, 1996

172. Nacht M, Strasser A, Chan YR, Harris AW, Schlissel M, Bronson RT, Jacks T: Mutations in the p53 and SCID genes cooperate in tumorigenesis. Genes Dev 10:2055, 1996

173. Vanasse GJ, Halbrook J, Thomas S, Burgess A, Hoekstra M, Disteche CM, Willerford DM: Genetic pathway to recurrent chromosome translocations in murine lymphoma involves V(D)J recombinase. J Clin Invest 103:1669, 1999

174. Liao MJ, Zhang XX, Hill R, Gao J, Qumsiyeh MB, NicholsW, Van Dyke T: No requirement for V(D)J recombination in p53-deficient thymic lymphoma. Mol Cell Biol 18:3495, 1998

175. Nacht M, Jacks T: V(D)J recombination is not required for the development of lymphoma in p53-deficient mice. Cell Growth Differ 9:131, 1998

176. Kastan MB, Zhan Q, El-Deiry W, Carrier F, Jacks T, Walsh W, Plunkett B, Vogelstein B, Fornace AJ Jr: A mammalian cell cycle checkpoint pathway utilizing p53 and GADD45 is defective in ataxiatelangiectaia. Cell 71:587, 1992

177. Clarke AR, Purdie CA, Harrison DJ, Morris RG, Bird CC, Hooper ML, Wyllie AH: Thymocyte apoptosis induced by p53- dependent and independent pathways. Nature 362:849, 1993

178. Lowe S, Schmitt EM, Smith SW, Osborne BA, Jacks T: p53 is required for radiation-induced apoptosis in mouse thymocytes. Nature 362:847, 1993

179. Danska JS, Guidos CJ: Essential and perilous: V(D)J recombination and DNA damage checkpoints in lymphocyte precursors. Semin Immunol 9:199, 1997

180. Diamond RA, Ward SB, Owada-Makabe K, Wang H, Rothenberg EV: Different developmental arrest points in Rag-22/2 and SCID thymocytes on two genetic backgrounds. J Immunol 158:4052, 1997

181. Gutierrez MI, Bhatia K, Cherney B, Capello D, Gaidano G, Magrath I: Intraclonal molecular heterogeneity suggests a hierarchy of pathogenetic events in Burkitt’s lymphoma. Ann Oncol 8:987, 1997

182. Hollstein M, Sidransky D, Vogelstein B, Harris CC: p53 mutations in human cancers. Science 253:49, 1991 183. Ichikawa A, Kinoshita T, Watanabe T, Kato H, Nagai H, Tsushita K, Saito H, Hotta T: Mutations of the p53 gene as a prognostic factor in aggressive B-cell lymphoma. N Engl J Med 337:529, 1997

184. Li F, Fraumeni JF Jr, Mulvihill JJ, Blattner WA, Dreyfus MG, Tucker MA, Miller RW: A cancer family syndrome in twenty-four kindreds. Cancer Res 48:5358, 1988

185. Malkin D, Li FP, Strong LC, Fraumeni JF Jr, Kim DH, Kassel J, Gryka MA, Bischoff FZ, Tainsky MA, Friend SH: Germ line p53 mutations in a familial syndrome of breast cancer, sarcomas, and other neoplasms. Science 250:1233, 1990

186. Levine AJ: p53, the cellular gatekeeper for growth and division. Cell 88:323, 1997

187. Barlow C, Hirotsune S, Paylor R, Liyanage M, Eckhaus M, Collins F, Shiloh Y, Crawley JN, Ried T, Tagle D, Wynshaw-Boris A: Atm-deficient mice: A paradigm of ataxia telangiectasia. Cell 86:159, 1996

188. Liyanage M, Coleman A, du Manoir S, Veldman T, McCormack S, Dickson RB, Barlow C, Wynshaw-Boris A, Janz S, Wienberg J, Ferguson-Smith MA, Schrock E, Ried T: Multicolour spectral karyotyping of mouse chromosomes. Nat Genet 14:312, 1996

189. Li GC, Ouyang H, Li X, Nagasawa H, Little JB, Chen DJ, Ling CC, Fuks Z, Cordon-Cardo C: Ku70: A candidate tumor suppressor gene for murine T cell lymphoma. Mol Cell 2:1, 1998

190. Morrison C, Smith GCM, Stingl L, Jackson SP, Wagner EF, Wang Z-Q: Genetic interaction between PARP and DNA-PK in V(D)J recombination and tumorigenesis. Nat Genet 17:479, 1997

191. Baross-Francis A, Andrew SE, Penney JE, Jirik FR: Tumors of DNA mismatch repair-deficient hosts exhibit dramatic increases in genomic instability. Proc Natl Acad Sci USA 95:8739, 1998

192. de Wind N, Dekker M, Berns A, Radman M, te Riele H: Inactivation of the mouse Msh2 gene results in mismatch repair deficiency, methylation tolerance, hyperrecombination, and predisposition to cancer. Cell 82:321, 1995

193. Reitmair AH, Schmits R, Ewel A, Bapat B, Redston M, Mitri A, Waterhouse P, Mittrucker HW, Wakeham A, Liu B, Thomason A, Griesser H, Gallinger S, Ballhausen WG, Fishel R, Mak TW: MSH2 deficient mice are viable and susceptible to lymphoid tumours. Nat Genet 11:64, 1995

194. Shi YP, Mohapatra G, Miller J, Hanahan D, Lander E, Gold P, Pinkel D, Gray J: FISH probes for mouse chromosome identification. Genomics 45:42, 1997

195. Han JO, Steen SB, Roth DB: Intermolecular V(D)J recombination is prohibited specifically at the joining step. Mol Cell 3:331, 1999

196. Lin WC, Desiderio S: Cell cycle regulation of V(D)J recombination- activating protein RAG-2. Proc Natl Acad Sci USA 91:2733, 1994

197. Harris NL, Jaffe ES, Stein H, Banks PM, Chan JK, Cleary ML, Delsol G, DeWolf-Peeters C, Falini B, Gatter KC:Arevised European- American classification of lymphoid neoplasms: A proposal from the International Lymphoma Study Group. Blood 84:1361, 1994

198. Mitelman F, Mertens F, Johansson B: A breakpoint map of recurrent chromosomal rearrangements in human neoplasia. Nat Genet 15:417, 1997 (special number)

199. Vanasse, G.J., Concannon, P., Willeford, D.M., Regulated Genomic Instability and Neoplasia in the Lymphoid Lineage, Blood, Vol. 94, No.12, pp. 3997-4010 (December 15), 1999

My Contact Information

Links to Other Sites